Verschiedene archäologische Funde, die im Gemeindegebiet von Marratxí gemacht wurden, belegen, dass es hier Siedlungen von fast allen Kulturen, die auf Mallorca vertreten waren, gab: Die Römer, die Talayotkultur, die Araber und die mittelalterlichen Christen.
1229 eroberten die Katalanen Mallorca, das seit über 300 Jahren unter arabischer Herrschaft stand. König Jaume I teilte das eroberte Land auf. Marratxí fiel an den Bischof von Barcelona, Berenguer de Palou.
Die erste Pfarrei der Gemeinde war Santa Maria de Marratxí, gegründet im 13. Jahrhundert. Die heutige Kirche San Marçal in Sa Cabaneta wurde Ende des 17. Jahrhunderts erbaut. Von Anfang an war sie ein Wallfahrtsort, an dem sich die Menschen trafen, um den Schutzheiligen von Marratxí zu verehren.
Im 18. und 19. Jahrhundert wuchs die Bevölkerung an und es entstanden die verschiedenen Dörfer von Marratxí: Pòrtol, Sa Cabaneta, Es Pla de na Tesa und Es Pont d’Inca. Anfang unseres Jahrhunderts war Es Pont d’Inca bedeutend, da es an der Zugstrecke Palma/ Inca lag, was hier den Handel begünstigte.
In Son Bonet, zwischen Pont d’Inca und Es Pla de na Tesa, wurde der erste zivile Flughafen Mallorcas gebaut, der in den sechziger Jahren nach Son Sant Joan verlegt wurde.